Masson染色是利用兩種或三種陰離子染料混合或先或后作用完整鑒別染色的。膠原纖維呈藍色，肌纖維呈紅色。用于判定各種組織、器官的病變程度與修復情況，以不同色調顯示與區分某些非結締組織及物質成分

番紅O染色 實驗原理：番紅是一種結合多陰離子的陽離子染料，它用于顯示軟骨，是基于陽離子染料粘多糖中陰離子集團的結合，以一染料分子結合與6硫酸軟骨素，或硫酸角質素的一個負電荷集團。

油紅O染色是用于觀察脂質含量的常用方法。油紅O屬于偶氮染料，是很強的脂溶劑和染脂劑，與甘油三酯結合呈小脂滴狀。脂溶性染料能溶于組織和細胞中的脂類，它在脂類中的溶解度比在溶劑中大。當組織切片置入染液時，染料則離開染液而溶于組織內的脂質/脂滴中，使組織內的脂滴呈橘紅色。

蘇木精-伊紅染色（Hematoxylin and Eeosin staining）簡稱HE染色。蘇木精染液為堿性，主要使細胞核內的染色質與胞質內的核糖體著紫藍色；伊紅為酸性染料，主要使細胞質和細胞外基質中的成分著紅色。易于被堿性或酸性染料著色的性質分別稱為嗜堿性和嗜酸性；若于兩種染料的親和力都不強，則稱中性。

石蠟包埋/組織包埋石蠟制片法是將材料經固定、脫水、透明、浸蠟后包埋在石蠟里面進行切片的方法。此法適用范圍廣，制片手段完備，能將材料切成極薄的片子（可切至2－8微米左右），并能制成連續的片子，這是其它制片法難以達到的，因此在光學顯微鏡的制片技術上它是Z常用的一種方法。除了一些經不住石蠟切片法中所應用的各種藥劑處理的材料不能應用石蠟切片以外，一般的材料都可以用此法制片。